为进一步提高研究生培养质量，充分利用校企战略合作单位之间的优质教育资源，加强与高水平大学和科研机构之间的合作，近年来，学院与中国地质调查局成都地质调查中心、中国地质调查局天津地质调查中心、中国地质调查局青岛海洋地质研究所、中国地质科学院、中国科学院青岛海洋研究所、中国科学院青岛生物能源与过程研究所、自然资源部第一海洋研究所、自然资源部第二海洋研究所、山东省地质矿产勘查开发局、山东省煤田地质规划勘察研究院、中石油杭州地质研究院、香港岭南大学等战略合作单位开展了广泛的研究生联合培养。其中，已建成山东省研究生联合培养基地3个：山东科技大学-山东省地质矿产勘查开发局研究生联合培养基地、山东科技大学-山东省煤田地质规划勘察研究院研究生教育联合培养基地、智慧矿山产教融合研究生联合培养示范基地。